Bom dia Eduardo! 
1) Bom, eu sugiro que você inicie o procedimento o mais rápido possível. Digo isso por que se a administradora do plano do seu pai não for informada do falecimento dele pode acabar colocando ele na lista dos inadimplentes. Isso, em alguns casos, pode inclusive ter como consequência o cancelamento de plano e a perda dos direitos por não cumprimento de cláusulas contratuais. Mas não conhecendo o plano, não posso te dizer qual é o prazo máximo para realizar a solicitação do benefício.

A conta do Bancária encerrada não tem relação com o VGBL, que é um plano de previdência aberta, não se preocupe com isso.

2) Sobre resgate sempre incidirá IR pela alíquota correspondente à da tabela vinculada ao Plano. No VGBL a tributação incide sobre o rendimento da aplicação somente no caso da declaração anual de imposto de renda.

Manda mais ;)

Um abraço Eduardo e conte comigo pro que eu puder ajudar!